黑人混居其中。
帕特森在新西兰待了一段时间之后——在这期间，他学会了土著的语言及操纵使徒的纵帆船“横渡南海者”号的航海术——在主教的陪同下，启程前往诺福克岛，然后肩负着苏格兰长老会的使命到了埃伊特姆。他们沿途经过了威廉姆先生被杀的埃诺曼伽岛——这是一座森林密布的岛屿，其景色之美非笔墨所能形容。然后，他们前往萨摩亚诸教士被杀的法特岛，经过了埃斯比利特·萨托的辉煌岛屿——其上有一条高达4000英尺的山脉。船只接着到达瑞玛尔岛。登陆时，主教和他的同事不得不游泳上岸。他们与当地的毛利人成了朋友并从岛上带走了许多男孩儿。这些男孩被送往新西兰的圣约翰学院，作为教士来培养。
船只抵达所罗门群岛上的玛拉岛。在这里，他们发现当地人虽然讲毛利语，但以前的水手显然教给了他们英语知识中最不齿于人的部分。萨塔库兹群岛是下一个被他们看到的群岛。当地土著摇着自己满载着山药和芋头的小舟欢迎他们。可是这些岛上的人口太多，以至于任何安静的工作都没法做成。他们整个沿岛航行了一周，看到了大火山口那炽热的外表。他们继续前往卢卡普——今天，那里充满了忧郁的怀念，因为帕特森主教就是在此地遇难的。土著们用小舟载来小麦和可可豆为他们送行。一长串的航行——图布阿、法尼科拉，以及巴恩克诸岛屿——之后，“横渡南海者”号回到了新西兰。
当然，新西兰同样是他传教工作的场所。他在给家里的信中写道：“别总以为岛民是残忍的。当你激起他的怒火之时，他们确实做出一些可怕的事，而且也几乎都是食人者——往往在一次战斗之后举行的庆功宴上，他们才如此，否则就不是。但如果你友善而谨慎地对待他们，我相信，访问他们是没有任何危险的——访问的方法是：第一次仅仅在港口着陆；第二次也许可以到一个土著村子里去；第三次在海岸边睡；第四次在岛上待十来天，如此类推。”他描述了自己教化土著的基本方法。他坚持认为上帝是按照自己的形象创造了人类。在悉尼的一次布道会上，他说：“爱，这源自人心中的爱，必须传递给他的兄弟……爱是使一切事物焕发活力的原则。在每一片星空下，在海浪闪烁的光影里，在田野里每一朵鲜花中，在上帝的每一件造物里，特别是在每一个活着的人的灵魂中，都存在一种崇拜和祝福：为万物伟大的创造者和保护者，他那深沉的美和爱。”
“我亲爱的父亲，”他说，“曾经以深沉的忧虑写下了丁尼生事件。噢，亲爱的！该怎么感激你！是你，把我们从论战的喧嚣中解放出来；是你，让我们发现了世上有如此千千万万的人，渴望得到从这些狂热的争论中粗暴抖落出来的琐碎。无论高级的或低级的或广大的教会，也不是任何别的名称，而是忘掉一切差别、回归事物原初状态的急切愿望，在那些野蛮人民看来才是自然的。”
帕特森怀着美好的希望和无畏的精神，继续访问美拉尼西亚群岛。他深知男人和女人的区别。当女人出现时，他知道自己是安全的。不过，他用信任获得了所有人的保护。他前往胡图玛，踏着深及膝盖的海水爬上了该岛的海滩。然后他去了埃诺曼伽，接着去了法特，这里居住着据说是那些海域中最野蛮的人。他们都是食人生番，曾经杀害了搁浅在该岛的“皇君”号的全体乘员。他们当场吞食了其中的9个人，然后把其余的9个人送给他们的朋友吃。
1861年，约翰·帕特森获得了“美拉尼西亚群岛出使主教”的尊荣，可他仍像往常那样继续着自己的工作。他赤手空拳地活动在土著中间，经常面临死亡的威胁。说不定哪一天，他们立刻就会用一只毒箭结束他的生命。可是，他总是充满快乐和热情。“感谢上帝！”他说，“我能够退守到许多安全的舒适环境中。他完全看到了也知道这一点。他也看到了岛民们，他爱他们，比我更甚不知多少倍。我相信，是他把我派到他们那里。他将保佑那些在他们中按他的意志行事的真诚努力。光明正照射着美拉尼西亚。我对这种想法非常满意，并且牢记着，这一切是否能够在我有生之年实现是无关紧要的。我要做的，只是不停地工作。”
在一群被派往协助他的人面前，他再一次说道：“一个以伤感的眼神看待珊瑚岛和可可豆的人，是比无用者更糟糕的人。这为任何一个抱着必死信念的人所不耻。相反，一个认为任何工作都‘较绅士为低’的人，就恰好会这样做。他极不乐意地看着一位主教做他认为有辱自己的事。如果一个正直的人被上帝的爱所感动并挺身而出，我们会给他什么样的欢迎，他不久将会工作得如何快乐，在我们所清楚知道的无数的祝福中，这一切将会一览无余。”
这些受命的牧师离开英国并不是为了钱。他们的报酬，一年只有100英镑，之后才逐年增加到150英镑。可他们教给土著们所有的东西——节俭、谨慎、守时、整洁，以及诸如此类的习惯。有多少性格是从这些持家的美德中养成的！帕特森主教不管走到哪里，都会建立一些学校。他还会把岛上的孩子带在身边，陪他航行，以便让孩子理解他的语言，当然他也能理解孩子的语言。1864年，主教和他的伙伴在萨塔库兹遭到袭击。其中一个名叫皮尔斯的人，胸口中了一支长箭