江浙苏松地区赋税重于他地，人不得官户部，是朱元璋留下的问题。朱元璋在初取天下时，据说：「愤其城久不下，恶民之附寇(指张士诚)，且受困于富室而更为死守。因令取诸豪族租佃簿历付有司，俾如其数为定税。故苏赋特重，惩一时之弊。」 「初，太祖宝天下官民田赋，凡官田亩税五升三合五勺，民田减二升，重租田八升五合五勺，没官田一斗二升」，而「浙西官、民田，视他方倍蓰，亩税有二三石者」 。后虽稍有减免，但苏松等地的田赋仍远远高于他地。实际受害的当然是普通农民。限制苏松人在户部做官，则是戒于「浙江及苏松二府为财赋之地」，而「户部胥吏，尽浙东巨奸，窟穴其间，那移上下，尽出其手。且精于握算，视长官犹木偶」 。江浙地区是明朝经济的重要支柱，朝廷害怕浙东人掌握财政大权造成威胁。这是一种歧视政策。它不仅给江浙农民带来祸害，而且不利于江南地区经济文化的发展。人民不堪其苦，就用逃亡和逋欠的方法加以抵制，使重赋往往成为无赋。因而建文帝均江浙田赋，不仅有利于国家，也使百姓得受其惠，确是一件德政。
洪武末，江南僧道「多占腴田，蚕食百姓」 。因此，建文帝对僧道占田也做出了限制。建文三年(1401年)七月，下令「每僧道一人各存田五亩，免其租税，以供香火费，余田入官，均给平民」 ，也无疑是一桩爱民之举。
建文帝受攻击最甚的莫过于变更祖法，更改官制了。
朱元璋为控制中央大权对政治制度做了多次调整。洪武十三年(1380年)，他罢中书省，废丞相，升六部秩以分相权，「事皆朝廷总之」 。朱元璋戒谕子孙：「以后子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。」建文帝不顾祖训严禁，以齐泰为左丞相，黄子澄为右丞相 ，「阃外事一以付泰」 。这在维护旧制，视祖训为神物者看来，自然是大逆不道了。朱棣提出「悉復皇考之旧」，「纲纪政令一出于天子」 。这不仅是为藉助于保守势力，使篡权师出有名，也是为了维护专制主义皇权。
改官制，终建文四年一直没有间断。有些官制的改变无关紧要，意义不大，或仅仅改变了名称。但有些改变，则是深有用意的。朱元璋升六部秩，而六部尚书仅二品，这是除宗人府官和公孤傅保以外文臣的最高品级，其目的是压抑大臣，以保证纲纪政令一出于天子，「天子之威福无下移」 。他所需要的是封建帝王的家奴，这些家奴可由皇帝任意处置，从罢黜直到廷杖至死。朱元璋所开创的廷杖，使大臣的身心遭到肆意的摧残和污辱。所谓「血溅玉阶，肉飞金陛」，「君之视臣如狗彘」 。史仲彬、楼琏曾以「安静祖法」为言，反对改官制。建文帝在楼琏的奏疏上批道：「此正所谓知其一未知其二者。六卿果可低于五府耶？祭酒犹在太仆下耶？假令皇祖而在，必当以更定为是。群臣勿復言。」他不满于六部尚书低于五府官，祭酒反低于皇帝的养马官，至少要他们地位相等。这一方面提高了文臣的地位，另一方面也显示他无意把权力控制得太死。他倚重大臣，放手让他们去做事，尊重他们的地位，这与朱元璋的极端专制主义是大相径庭的。朱棣在致李景隆书中曾说：「祖训云，罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后子孙做皇帝时，不许立丞相。有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。今虽不立丞相，欲将六部官增崇极品，掌天下军马钱粮，总揽庶务，虽不立一丞相，反有六丞相也。天下之人，但知有尚书齐泰等，不知朝廷。」这段话生动地说明了建文改制的情况和建文帝与朱元璋、朱棣对待大臣的不同态度。
洪武时，王府官的地位更低。他们不过是亲王的家庭教师和办事员。建文帝增设王府官，规定宾友教授进对侍坐称名不称臣，见礼如宾师 。方孝孺说：诸藩「尊崇之极，而骄泰易滋，左右之臣位下势卑，不能矫其失」，「天子慨然为深长之思，增立辅臣，重其职任，俾咸知尊贤取友，以成令德」 。限制宗藩骄泰，提高文臣地位，相辅相成。
建文帝屡诏求言，并能责己纳谏。一次，建文帝「偶感微寒，视朝稍宴」，监察御史尹昌隆上言规谏。左右曰：「以疾谕之。」建文帝曰：「不可，直谏难闻。」于是下诏：「昌隆言中朕过，礼部可颁示天下，朕亦用自警。」又一次尹昌隆劾执政大臣曰：「奸臣专政，阴盛阳微。」执政恶之，故贬。建文帝曰「求直言以直弃之，人将不食吾余」，命復原官 。甚至，有两个宫人在宫中殴哗，建文帝也以「一宫未齐」，「悱然感愧自责」 。这种作风，与朱元璋相较，真有天渊之别。这样，建文帝把以监察各级官吏为主要职务的六科给事中改为左右拾遗，突出他们约束规谏皇帝的职能，就绝非仅出于「慕古改名」而已。出于同样原因，谨身殿改为正心殿，并建置省躬殿，置「古书圣训」其中，以「尚父所存丹书之旨，夏书所歌宫室声色之戒」 自勉。
都察院改为御史府，如前所述是宽刑省狱的结果，但也有一番寓意：「曩者，法吏执刑深刻，犯者滋众，先皇帝甚厌苦之，欲有所更革而未暇。今