根据作战计划，第6 集团军将在林加延湾（仁牙湾）登陆，第1 军在左，第14 军在右，上岸后即沿宽阔的平原向马尼拉推进。少量部队在苏比克湾西北海岸和马尼拉湾南面的纳苏格布登陆，以封锁巴丹半岛和科雷希多半岛，并准备从北面和南面奇袭马尼拉。为支援登陆，肯尼的陆基航空兵和金凯德的舰载机将负责掩护并压制吕宋南部的日军机场；哈尔西的第3 舰队将执行压制台湾和吕宋北部日军机场的任务。
山下奉文自莱特决战失败后，就料到美军早晚要登陆吕宋岛。这位“马来之虎”除了手中几个师的步兵外，已没有海军和航空部队助战了。他已领教了麦克阿瑟这个对手的神威，他承认对手是个伟大的军人，作为伟大的军人就要追求最高的荣誉。不幸的是，麦克阿瑟的成功，将要建立在他惨败的基础上。
但是，他不甘心就这样失败，他要让麦克阿瑟吃够苦头，让世人通过他山下打得最后的一仗知道他的厉害，承认他是日本军事史上最优秀的军人之一。
他知道自己手头这点兵力根本无法同麦克阿瑟较量。如果把部队全都部署在林加延湾的滩头，那恰恰中了麦克阿瑟的计，他们会在美军猛烈的海空轰炸下血肉横飞。他也不想采用固定阵地死守的战术，因为美军会把这片地区封锁起来，一点儿一点儿地啃掉。他要制定一个凡兵俗将所不能制定的“静电干扰”计划，即采取“保存自己，各自为战，长期抗战”的方针，不准备打胜，而是缠住对手，儘量拖延美军对日本的进攻。
他把第14 方面军分成3 个集团：实力强大的“尚武”集团、中等实力的“振武”集团、鬆散的“建武”集团。他亲自指挥由15．2 万人组成的“尚武”集团，以吕宋岛中北部山区为根据地，坚持“独立的和长期的抗战”；以横山镇雄中将指挥的“振武”集团，总兵力10 万人，配置在马尼拉东部山岳地带，与“尚武”互为犄角；以冢田喜理智中将指挥的“建武”集团是些杂牌军，总兵力3 万人，将死守克拉克基地群，力争儘量多地消耗美军。这种以基地为根、以山岳为背，让开平原，威胁侧翼，长期抵抗，审时度势用兵的方略，如能实现，必将使麦克阿瑟陷入一场旷日持久的消耗战中。美军将力争夺一个山头、一条山谷消耗数月的时间，直到被拖垮为止。
计划完成后，山下开始大转移。他把他的司令部连同3500 吨弹药、500吨武器、4500 吨粮食、200 吨药品、150 吨纸币、50 吨金币、各种被服、器材、车辆等均迁住山区。离开马尼拉时，他不仅留下了被他屠杀的大批菲律宾抗日勇士、美军战俘和不服从撤退命令的日军的尸体，而且还留下了“山下之宝”之谜。战后。许多人如同北非人寻找“隆美尔之宝”一样，在菲律宾到处寻找这次转移中被山下带走的金银财宝。
重返马尼拉
1045 年1 月9 日拂晓，麦克阿瑟率领着他的庞大的登陆部队抵达了林加延海岸。
这是个在颱风季节中少有的晴天。当磅礴的朝阳从吕宋的苍茫大地跃出时，天边那银灰色的亮带迅速向左右和上方扩散，吕宋岛上隐没在昏暗中的莽林、村舍、沙岸、海堤、小船魔术般地变出来，呈现在麦克阿瑟的眼前。
麦克阿瑟看到眼前樯橹蔽天、战舰如云的景象，十分感慨，对萨瑟兰说道：“自从我离开这里，脑海中就一直浮现着这幅图画。看到它，又勾起了我对我们家族往事的无限怀念。”
他急于回到马尼拉大饭店，那里曾经是他的家。他命令克鲁格：“即刻登陆，不要顾虑重重。山下是要打持久战的，进攻马尼拉吧，不会有严重的抵抗。我从第一次世界大战起就一直在陆军中打仗，我了解那里的每条田坎和小丘，我这回的判断肯定出不了错。”他又补充道：“1 月26 日是我的生日。”
克鲁格明白自己上司这句话的潜台词：我要在马尼拉切开生日蛋糕。
9 时30 分，美军开始登陆。由于日军放弃了滩头抗登陆的战术，因此美军登陆很顺利，除受到北侧高地上的敌迫击炮兵的抗击外，几乎未遇什么抵抗就上了海滩。
登陆以后，克鲁格的两个军迅速向纵深穿插，到日落前建立了纵深4 英里的滩头堡，比预计的要大5 倍，而美军全部损失不到100 人。
登陆5 个小时后，麦克阿瑟率领他的司令部成员像在莱特岛一样，乘小艇绕过栈桥，在一片平坦的沙岸边冲滩涉水上岸。
1 月13 日，麦克阿瑟正式将他的司令部搬到岸上的达古番镇。这时，日本人的飞机，无论是常规飞机还是自杀飞机，都从吕宋的天空中消失了。这使得麦克阿瑟完完全全像个战场指挥官，无所顾忌地乘坐敞篷吉普车深入到前线的各个角落巡视，无论走到哪里都受到士兵们和菲律宾人的欢迎。
视察中，他发现克鲁格进展缓慢，在几乎没有遇到抵抗的情况下，部队在4 天里只前进了10 英里。按这个速度什么时候才能攻下马尼拉？至少需要两个月！而他向参谋长联席会议保证将在登陆后两周内解放马尼拉。另外，
在战役前，尼米兹曾要求他将借给他的舰船在2 月上旬送还，尼米兹要用它们来加强第5 舰队，以发动硫黄岛和冲绳岛战役。麦克阿瑟因担心日本海军攻击滩头阵地，认为在夺取克拉克机场、陆基