最后，民进党高层推出“行政院”秘书长李应元出战。
过去台湾的选举，不管各候选人的政见如何，越选到后面，选情越紧张，也常常会出现各种“奥步”[1]。但这次的台北市长选举，虽然从一开始几乎就知道谁会当选，却是一次高水平的选战，双方都有很明确的市政建设蓝图，也能很清楚地阐述自己的政策。比起以前意识形态为主的诉求，这次选举完全是以政策诉求为主的。
不过这场选战，结果虽然大家几乎都清楚，但其中的暗潮却是汹涌，掺杂了许多诡谲色彩。陈水扁当然是为李应元助选了，甚至他的光芒还压过李应元，所以这场选战，也被视为陈水扁向马英九的復仇战，变成扁马对决。
而在这次选战中整合成功的国民党泛蓝阵营，将这次台北高雄市长、市议员一起的选举，定位为2004年台湾“大选”前哨战，造势活动频频将炮口瞄准陈水扁。
而马英九，当时普遍猜测他是不是也想争取2004年的台湾“大选”位置。所以，民进党也是倾全力在“打马”。结果，这一“打马”反而让马英九的政治地位在泛蓝阵营里急剧飙升，造就了马英九在泛蓝阵营的超级明星地位。
马英九的温和形象吸引了不少中间或浅绿选民，再加上泛蓝整合成功，也是这次马英九大胜的主因。
但在这次选举开票过程的电视实况转播中，也出现了一些小插曲。各家电视台各显神通展开计票追踪报导，不管是请人在各开票所计算还是公布选委会的开票数，各家电视台的方式和渠道都不尽相同，都只是为了争取最高的效率以及争最新的新闻。所以，在同一时间里各家电视台画面出现的同一候选人的得票数也不相同。有时候，由于相同时间内各电视台报出的同一候选人的得票数实在相差太多，不只把观众们搞得一头雾水，弄不清楚应该相信哪家，私下里，连各家电视台之间也相互打探对方是如何计算得票数的。这样就暴露了一个问题，原来，各家电视台为了抢报最新得票数，常常会有票数先灌水的恶习，结果，有时候就灌过头了。甚至还有一家电视台，得票数在短短30秒钟之内缩减了20万票，居然票越加越少。所以，当时因为这次选举，各电视台被批得很惨。