虽然也像往常一样处理着政务，朱元璋却总放心不下太子，老寻思着他是不是投湖出巡时中了邪，要不要请高僧老道为他驱驱邪。最后，他怕臣下笑话他病急乱投医，更怕太子病重之事传开会引起人心浮动，打消了为太子作佛法的念头，而亲去南郊大祀天地，暗祈鬼神祖宗冥佑太子早脱病魔，并大作善事以积德：令诛死以下囚犯输粟北边以自赎；诏天下卫所军以十之七屯田减轻朝廷与民众负担；诏自今遇岁饥，先贷后闻，着为令；赐天下老人酒肉谷；赐孤儿以官田。 虽然祀了天地，祈了鬼神，做了善事，但太子的病却有增无减。四月二十五日晨，太子病危，朱元璋辍朝往视，只见太子骨瘦如柴，非復人形，而目光游移，似不识人。朱元璋大悲，上前持其手，哽咽道：
“标儿，是为父看你来了，你打起精神来，与为父说几句话。”
太子勉强把目光停在朱元璋脸上，过了好大一会儿方才认出，眼泪便流了
出来，气若游丝般地说道：
“孩儿不孝，不能侍奉膝下了，乞父皇珍摄，不以儿臣为念。” 朱元璋听了这话，恰如摘心去肝一般，不由老泪纵横。
他忙叫榻旁御医戴思恭等人设法抢救太子性命，即便耗尽全国资财，也在所不惜。戴思恭等几位太医连忙跪下，既不敢说技穷无法，也不敢说有一线希望，只是磕头不止，口称死罪。
朱元璋见了如火上浇油，以脚踢他们道：
“莫非朕白养你们不成？快与我设法挽救太子性命！朕不信以举国之财救不了太子一条命！”
被踢得惊慌的太医冒死说道：“上位，奴婢等治得病治不了命呀，太子命里无福———”
朱元璋更怒：“你们不用心反怪太子命薄！莫非你们命长福厚不成？来人啦，把这几个该死的太医拖下去砍了，用他们的血与太子冲喜驱邪！”
鹄立室外的太监拥了进来，拖起几个太医往外便走。
太子要谏却说不出话来，忙掀跪在脚边的儿子朱允鹡进谏。朱允鹡乃太子次子
，因常妃之子雄英夭亡，故居长。允鹡身后，跪着三个弟弟。允鹡此时年方十六，却还聪明。他忙跪行至朱元璋面前抱其膝而哭，道：
“皇祖息怒，若太医为父亲而死，父亲心更不宁，病更难愈！” 朱元璋泪下如雨，挥手令释放太医，又回榻边揽住太子的手道：“皇儿仁慈若此，神灵必暗佑之。”
太子努力做了个笑容，挣扎着说出“谢恩”二字。朱元璋见了心如刀割。
中午，太子已不省人事，只是昏昏沉沉地睡着，连眼睑也难得睁开。朱元璋情急，令鸡鸣寺僧为太子祈祷，进香灰符水与太子服用，但百法使尽，全无灵验。
在场守候的太常卿见朱元璋神情悲苦，劝道：
“陛下，生死有命，夭寿在天，望陛下节哀，皇太子眼见不行了，还是早早放他上路，免他九泉路上受苦。”
朱元璋唾了太常卿一脸唾沫，骂道：
“如何说皇太子不行了？你怎知他九泉路上要受苦？你如此诅咒太子，真乃大不敬！”
大不敬是要杀头的。太常卿吓得磕头如捣蒜，哀求饶恕。朱允鹡怕他被杀，叱他是昏了头打谵语，喝他退下。朱元璋怕激动太子，也没与他理论，只是对着太子流泪。 正乱着，太子忽睁开了眼，声音清晰而宏亮地说道：
“父皇，臣儿不孝，不能为你分忧了。愿父皇宽以御下，事天恤民，帝业永固，允鹡兄弟俱年幼仁弱，全托给父皇了。”
朱元璋知是迴光返照，心痛欲裂，流泪答道：
“你放心吧，父皇将立允鼱为皇太孙以继大统。”
太子的眼睛慢慢闭上，脸上露出平静的微笑，攥着朱元璋的手慢慢鬆开，朱元璋等了片刻，取手一试太子的鼻息，早已没了，掀开眼睑看他的瞳孔，早已散了。朱元璋尖叫一声，扑在太子的身上大哭道：“你如何撒手走了，让我有白髮人送黑髮之悲？”
霎时间，“太子薨了”的传胪声传遍宫内，从上到下立刻迸发出一片痛哭之声。这是洪武二十五年。
内侍见朱元璋哭得悲苦，伏在太子身上不肯离去，
千方劝慰，方才将他拉开。
朱元璋步履蹒跚地任太监扶着回干清宫，突然感得自己衰老了。他流着泪问老学士刘三吾： “这可如何是好？”
“还有太孙在哩，在太子弥留之际，陛下已应允让太孙继大宝。君无戏言，俟太子葬毕，便立皇太孙，子孙重继，合于礼法。”
朱元璋愕然不已，他几乎记不得自己说过立皇太孙的话了。这件事关係太大，自己怎会脱口而出呢，也许是当时哀痛得失了方寸吧？
立嗣从来是国家第一大事，因为嗣君立得当否，关係到帝业的稳与不稳，皇室的乱与不乱，国家的安与不安。他熟读经史，自然了解历史上一系列夺嫡争位的父子反目，兄弟仇杀。齐桓公饿死宫里，楚成王哀求熊掌，赵武灵王困死沙丘，这些都是子弒父以袭位啊！西晋的八王之乱，隋炀帝的伪装孝行，李世民的玄武之变，赵光义的烛影斧声，这些都是以弟弒兄啊！梁武帝的饿死台城，隋文帝的欺负孤儿，赵匡胤的陈桥兵变，这些都是以臣代君啊！若太子不死