拿破崙此时已经放弃了一切侵英的意图，可是对这个“可怜的”的维伦纽夫----这是拿破崙给他的评语----却另外指定了一个新的“送终”计划。他从圣克劳德给维伦纽夫发出如下命令：
“我决定把集中在卡迪兹港中的我方海军力量，投入地中海方面，作为一个强大的牵制。你应该明了我方的意图，立即寻找机会率领联合舰队，向该海域进发。首先去卡塔赫纳与在该港中的西班牙支队会合，再向纳普尔斯进发，并在某个海岸上让你船上所搭载的陆军登陆，以便与圣西尔将军所指挥的部队会合。依照你自己的判断，如果认为有必要，你所指挥的舰队可以儘可能留在纳普尔斯海岸，以给敌人造成最大的损害，并拦截意图派往马尔他岛的船团。在这个远征行动之后，舰队就可以驶入土伦，以便整理和修补。我们的意图是这样的：无论在何处，如果遇到一个处于劣势的敌人，你都应该毫不犹豫的进行攻击，获得一个决定性的胜利。这次作战的成败，就要看你是否能够立即离开卡迪兹出发。”
两天之后，拿破崙又命令狄克里斯撤换维伦纽夫，而代之以罗西尼。因为考虑到不愿意刺激维伦纽夫，狄克里斯却没有立即通知他。10月10日，罗西尼到达罗德里戈。
10月1日，维伦纽夫开始作最后的准备，预定在10月7日出海，可是风向突然转变，迫使他在港口中停留了十天。10月8日，他召开作战会议，向他的舰长们解释他对未来的会战的战术观念。他主张把这个33艘战舰的舰队，分为两个集团：（一）战斗集团，共21艘船，由他自己指挥。（二）预备集团，共12艘船，由格拉维拉将军指挥，应位置在前者的上风方向。（註：到10月16日，最后的战斗序列都已完全决定。战斗集团又分为三个支队，每队七艘船。前卫为第二支队，由阿拉发中将指挥，旗舰为“圣安娜”号。第一支队为中央部分，由维伦纽夫亲自指挥，旗舰为“布森陶尔”。第三支队为后卫，由杜马罗尔少将指挥，旗舰为“杜古陶因”号。预备集团，由格拉维拉指挥，旗舰为“奥地利亲王”。）
接着，维伦纽夫又推测敌人所可能采取的战术，可以说非常准确。他说：“英国舰队不会构成一个与联合舰队平行的战线。纳尔逊会企图切断我方的战线，包围我方的后卫，然后集中力量来打击可以孤立和切断的船隻，越多越好。”至于究竟应该怎样应付这样的攻击，他却并无高见，很显然，他知道他的舰长们只能采取鱼贯而行的方式。他所补充说明的只有两点：如果联合舰队占了上风，则应该追击敌人，然后一船对一船的作战。如果在下风，虽应排成一个紧接着的战线，等候攻击，而每个舰长也应各自为战。依照拿破崙的命令，法西两国的船隻是采取混合编组的。他们中间有一艘“四层甲板”的船“三叉戟”号，一共有131门火炮，是当时最大的船隻；三艘“三层甲板”的船，两艘为112门火炮，一艘为100门火炮；一艘64门火炮的船隻；七艘巡洋舰和中型巡洋舰。战舰中有18艘法国的，15艘西班牙的。所装有的“侧舷”火炮共为2,626门，短炮除外。
搭载的官兵总数为21,580人。所搭载的陆军是由卡迪兹守备部队中抽调出来的，其中有“非洲”团和索里亚团，都是过去曾参加过西班牙无畏舰队的部队。英国舰队本应有33艘战舰，但当纳尔逊接管指挥权不久之后，路易少校所率领的支队，共有战舰六艘，奉命去保护一个驶向马尔他的运输船团，所以纳尔逊手中只剩下27艘战舰。在这些船隻当中，七艘是“三层甲板”的，三艘100门炮，四艘98门炮。二十艘为“两层甲板”的，一艘80门炮，十六艘74门炮和三艘64门炮。此外他还有四艘巡洋舰，一艘双帆二桅船，一艘单桅快船。全部官兵16,820人。除了短炮以外，一共有“侧舷”火炮2,148门。
因为路易的支队不在，纳尔逊改变了原有观念，不再把舰队分成三线，而代之以两个纵队：（一）前卫或上风纵队，共有船十二艘，由他自己指挥，旗舰为“胜利”号；（二）后卫或下风纵队，共有船十五艘，由科林伍德指挥，旗舰为“王权”号。这是他第一次改变了在“秘密备忘录”中的原有观念，以后还有其他的改变。这些改变曾引起了许多争论，但更足以说明纳尔逊在这一战中的心理变化。
他的目的是获得一个决定性的胜利，俘获或击沉敌方的二十艘战舰，因为他在临死时曾经说过：“我估计应该有二十艘。”正如秘密备忘录所说，旧式的平行战斗序列通常不具有决定意义，因为它们是如此迟缓，无法集中兵力打击敌人的弱点。他认为那好比是用两个“单臂”来搏斗的拳师在互相格斗，而他所希望的却是能同时用“双臂”来搏斗。他的舰队可以同时向左右两方打击。上风纵队保护右面，而下风纵队则打击在敌人的后部。他为什么要选择敌人的后卫来当作打击目标，面不选择前卫呢？因为要支援其后卫，敌人的前卫必须调过头来，所以需要很长时间；反之若是打击前卫，则敌人的后卫只要继续照原有方向前进，而不必调过头来。
为了使他的打击具有极大的动量，他并不严格遵守传统的横线或直线的战术。反之，他却代以两个船团，只是依次航行而已。关于这一