在马尼拉饭店，这对新婚夫妇住进位于五层楼的一套带空调的豪华住房，其中有一间书房、几问卧室、一问餐厅和一间盥洗室。但最使两个人满意的则是楼顶平台，从那里可以鸟瞰全市和马尼拉湾，远处的巴丹半岛和科雷希多岛也依稀可见。傍晚时分，他们喜欢在平台上散步，走一会儿，站一会儿，凝望风光旖旎的马尼拉湾景色，那里有晚霞映照下的海水及周围绿色的原野和冉冉升起的炊烟。晚上，他们或是看电影，或是躲在书房里看书、交谈。白天的大部分时间两个人都各忙各的，麦克阿瑟去办公室，琼则忙些家务或从事一些社交活动。
就在麦克阿瑟徒劳无益地从国内返回菲律宾不久，他的职业生涯发生了一次不小的波折。8月6日，他收到参谋长克雷格的一封信，通知他到10月在菲律宾任职满两年后，将返国接受其他职务。麦克阿瑟大为震惊。他热爱菲律宾，喜欢这里的工作，牵挂他那项未完成的建军计划。正在他不知所措的时候，奎松再次帮了他的忙，向他许诺将继续留任他为军事顾问。但若麦克阿瑟接受这一许诺，就意味着他必须辞去在美军中的职务。他几乎是毫不犹豫并带着感激的心情接受了奎松的建议，并于9月问以避免阻碍年轻军官晋升为由，向参谋长克雷格提交了一份辞职报告。这一辞呈立即被接受了。这样，在1937年11月，麦克阿瑟便正式退出了他为之效力了38年的美国陆军。
在此期间，日本法西斯製造了震惊中外的"七七事变"，发动了蓄谋已久的全面侵华战争。至1937年年底，经过平津、太原、淞沪等战役，日军相继占领北平、天津、济南、太原、上海、南京、杭州等地，为向中国腹地发展进攻创造了条件。面对侵略气焰日盛的日本法西斯，看到军队如此庞大的中国竟也奈何不得，奎松总统一方面对日本心存疑惧，另一方面在军队建设问题上也开始犹豫起来。他隻身访日，想同日本人妥协，以委曲求全。同时，他还想放弃建军计划，保持中立，因而一再压缩麦克阿瑟的建军预算，并当众声称："即使每一个菲律宾人都用现代化武器武装起来，菲律宾也无法保卫自己。"奎松态度的转变，使麦克阿瑟大为震惊。两个人发生了激烈的争执，但毫无结果。在这种情况下，麦克阿瑟的建军工作很难开展。他曾派艾森豪回国求援，但由于美国对奎松一再要求提前独立越来越反感，加之麦克阿瑟已不再是官方代表，因此军援计划进展极为缓慢。
1938年2月21日，58岁的麦克阿瑟老来得子——琼为他生了个儿子。他们给孩子取名阿瑟，这已经是他们家族第4个阿瑟了。阿瑟是麦克阿瑟第一个也是唯一的一个孩子，其欣喜之情不言而喻。他们雇了一位名叫阿珠的广东妇女作孩子的保姆。琼则弄来许多育儿方面的书，仔细阅读并照本宣科，指导阿珠。有一天晚上，孩子哭个不停，琼按书上说的对阿珠说："让他哭，没人理他，他就会停的。"10分钟后，麦克阿瑟推门进来，看到两个人无动于衷，责怪道："究竟是怎么回事？两个女人坐着不动，让孩子哭个不停。"他抱起孩子，一直把孩子哄睡了为止。第二天，琼就把那些书本丢到一边去了。
此后3年，麦克阿瑟在经费极其有限的情况下精心地训练着他那支数量不多的陆军。他无法达到每年训练4万人的目标，但他在极力接近这个目标。到1940年末，他已训练出13．5万民兵。与此同时，他的参谋长艾森豪中校积极参加了建立军事学校和组建空军的工作，但这项工作进展得更不顺利，到1940年末，菲律宾空军只有40架陈日过时的飞机和100名飞行员。海军建设更糟，只有两艘从英国购进的鱼雷快艇，外加美国的6艘。
麦克阿瑟就是以这点可怜的力量来筹划菲律宾的防务计划的。一天，有人对他说："如果菲律宾落入日本人之手，你担心什么呢？你个人已经尽了最大努力。"麦克阿瑟回答道："就我个人而论，我一定不会失败。世界的明天在很大程度上依赖于这里的成功。也许这些岛屿不是控制太平洋的门户，甚至不是这个门户的锁。但对美国来说，它确实是打开这把锁的钥匙。我决不让这把钥匙丢失。"
在这期间，世界形势风云变幻。1938年3月，希特勒德国吞併奥地利，英法推行绥靖政策，听之任之。9月，希特勒又製造了臭名昭着的幕尼黑阴谋，迫使英法以牺牲弱小国家捷克斯洛伐克的利益，来达到祸水东引的目的。与此同时，日本人加紧了在中国的侵略步伐，经过徐州、武汉两次会战，打通了津浦线并切断陇海线，占领了广州和武汉，夺取了中国13个省份100余万平方公里的国土，相当于日本本土面积的3倍。
1939年9月1日，纳粹德国在与苏联签订互不侵犯条约，解除了后顾之忧后，终于向波兰发动进攻。9月3日，英、法对德宣战，第二次世界大战全面爆发。不到一个月时间，德军就攻占华沙，灭亡了波兰。然而，即使到了这个时候，美国仍然推行孤立主义政策，其防务方针没有发生任何大的变化。
在这一年的12月，曾跟随麦克阿瑟多年、竭诚辅佐他的艾森豪申请辞职回国。麦克阿瑟和奎松都曾极力挽留他，认为他回国的决定是错误的，在这里要比在美国作一个无名中校所能做的事要重要得多