本来，中统、陈诚等派系均想打倒军统，进而瓜分。但由于宋子文、胡宗南等实力人物的保护，加上蒋介石觉得，打内战和维护自己的统治，军统还是有作用的，因而主张保留下来。但是，他考虑军统的招牌已经臭了，所以很有必要改头换面，换个招牌，以遮人耳目。
当时，国防部成立时，各厅局名称、组织机构、人员编制、经费等都已决定，唯独军统划归国防部起什么名称，大费脑筋。经过反覆研究，蒋介石才批准使用保密局这一名称。
蒋介石最为关心、最费神的问题，是军统局的接班人能不能象戴笠那样，把经营了十多年的这一特工机构很好的领导起来，继续运转起来，以便继续为他效力。他一直认为郑介民、唐纵。毛人凤三人比不上戴笠，也不能使他完全放心，他也只能挫子里拔将军了。
另一个使他头疼的问题是军统开支问题，战时可以由他开特别费，再一个是戴笠很有办法，靠自筹维持。但战后不能再随便开特别费，毛人风也没有戴笠那样的神通。蒋介石多次找毛人风研究，最后决定军统接收的日伪敌产和现金不上交国库。自己开办企业，将盈利作为经费。但蒋介石煞费苦心研究出的这条计策，却由于军统经营不善，利润越来越少。所以只好实行“汰弱留强”的缩编方针，大量裁员，仅军统送往各地军官总队的特务就达两万多人。机构也有的合併，有的裁撤，军统再也没有戴笠时期的鼎盛辉煌了。
蒋介石在保密局成立不久，便招集全局高级干部训话，除大力讚扬戴笠并强调要向他学习外，更着重强调保密局以后的工作任务。
蒋介石认为以后主要的敌人是共产党，他强调同共产党的斗争比过去同日寇和汉奸作斗争要困难的多，每个人必须全力以赴，如果稍为鬆懈，不只危及党国，而且会死无葬身之地。他反覆要求保密局多研究一些办法，多出一些主意，随时总结经验和教训，更好地担负起这项直接与共产党作斗争的任务。
这是蒋介石为保密局工作任务定的基调。
但是，军统局在戴笠生前，由戴笠一手握生杀予夺大权，他的权威无人敢与之匹称。故尔他的号令一下，雷厉风行，效率很快。但戴死后，群龙无首，军统内马上分三派开始争权夺利，以郑介民为首的广东派，以毛人风为首的浙江派和以唐纵为首的湖南派斗争颇为激烈。最后由毛人凤派获得胜利，独掌保密局大权。
但毛人凤的资历比戴笠还要低，原先只不过是县政府的小职员，被戴笠吸收进军统。由于他是戴笠的小学同学，后来逐渐加以培养，做看家工作。他也没有戴笠与国民党内部广泛的社会关係，与蒋介石也不亲密，也不具备戴笠那种才干。因而他只能守成基业，而没有什么大的作为和发展。这也是蒋介石不满意的地方。
但毛人凤在屠杀共产党人方面，比戴笠有过之而无不极，这也受到蒋介石的欣赏。
蒋介石儘管仍然保留了军统，但吸取戴笠生前功高震主、尾大不掉、势力膨胀的弊端，使保密局缩编后，在体制和权力方面都受到了限制。另外，蒋介石采取分而治之的办法，将原来由军统控制和掌握的公开机关都予以撤消，如货运局水陆交通统一检查处、经济检查队等。军统所控制的两个最大机关--警察系统和军队谍报系统，也由蒋介石划出去，由警察总署和军令部二厅管辖（后期厅长由与军统毫无关係的侯腾任厅长）。
加上军统内部三派的斗争，一直争执不休，使军统实力大为消耗，从此一蹶不振。
解放前夕，军统面临崩溃，不少军统老人感于蒋家王朝即将溃灭，纷纷自谋出路，脱离军统。有一部分人与中共早就联繫，一旦解放马上弃暗投明。一部分人参加起义投诚。也有军统老人如交警总局局长周伟龙企图调部队擒获蒋介石，投向人民，被毛人民发现密捕枪杀。另外一大批军统高级干部被解放军俘虏。
毛人凤在解放前夕製造了多起屠杀事件后，率一部浙江派军统骨干逃往台湾。
毛人凤在临逃往台湾前，奉蒋介石命令，在大陆布置了不少潜伏组织和特务武装，建立所谓“反共基地”，但终被扫清。
解放后，保密局又多次组织特务骚扰大陆，都未获成功。
由蒋介石所授意、戴笠一手创建的在中国大陆纵横了十八年的庞大特务王国，终于随着蒋介石在大陆的彻底垮台，被彻底赶出了中国大陆。
军统的后期领导人毛人凤、唐纵、郑介民到台湾去以后，逐渐被蒋介石排挤，由蒋经国主持特务工作。不过台湾后来的特工单位，很多骨干仍然是军统分子，证明这一特务组织确实是蒋家王朝最得力的保卫者，在蒋介石的统治过程中，确实发挥了其它手段所不能发挥的作用。
所以，蒋介石到台湾后，仍然强化特务统治，只不过他将所有特工单位都由他的儿子蒋经国来主管，以防止危及他的统治。
蒋介石在撤离大陆前，曾布置了一系列暗杀活动，交毛人凤执行。毛人凤秉承了蒋的旨意，策划过暗杀李宗仁、傅作义阴谋，还暗杀了陆大校长杨杰、北平市长何思源和参加起义的军统老人、湖南警察局长刘人爵等活动。
他遵照蒋介石的指示，更加疯狂的破坏共产党组织，1947年夏，他指挥保密局特工破坏了中共北平地下党组织的电台，致使保定、渖阳、西安、兰州等地党组织被破坏，一百多名地下党员被逮捕杀害，