1940年夏季，蒋经国提出“新赣南建设三年计划”之后，又改为“五年计划”，准备在赣县郊外的中华新村设立现在建筑的託儿所、幼稚园、小学和中学，再设立贫民食堂，以收容孤儿、弃婴，取缔私娼、烟馆、赌博场，帮助犯罪者重新做人，还反对浪费的恶习，鼓励集体婚礼。又准备开设新赣南合作社和交易公店，以统治米、食油、盐等日用品，并把原来四十余种赋税简化为一种，以减轻人民负担，减少官差从中盘剥的机会。
赣南过去的征兵制度，是以没有能力或不愿进行贿赂的贫民子弟为对象；新计划法令规定，即使是要人之子，也无法避开兵役的责任。
对于文教政策，相继出版发行《正令日报》和期刊《中国青年》，江西三民主义青年团还刊印了一份《青年日报》。
与此同时，对管区内5万余名三青团员进行指导教育以使他们大部份成为东南战区的骨干分子。
新计划严格区分公与私，规定公职人员私用长途电话费，自己掏腰包支付；每星期一下午，打开公署的大门，听取民众的申诉。
蒋经国这般作为，使得政府高级官员望而生畏，不得不刮目相看；一时被人们称之为“全面政治建设的模范”。只因1943年12月被任命为三民主义青年团中央干部学校教育长，蒋经国离开江西到重庆赴任，没有看到“五年计划”的成果，但他的设计一直被人们津津乐道。
蒋经国在赣南推行新政，目的是要在赣南这块试验区内搞出一个国民党行政规范的样板来。他经常将所谓“新赣南”同当时享誉中外的革命根据地陕甘宁地区相比，并向外界宣传说：“共产党有陕北，国民党有赣南，谁成功，谁失败，以后看。”的确，原本是“烂摊子”的赣南，经蒋经国的治理整顿后，确实给人以耳目一新之感，“蒋青天”的称号也成为一时之誉，经国民党传媒的大力渲染，前来参观者络绎不绝，许多外国记者也纷至沓来。
1943年12月，蒋经国被蒋介石调到重庆任职，虽然名义上仍兼任赣州专员，但实际上从此离开了赣南。赣南的6年，可以说是蒋经国日后发迹的起点。赣南的6年也是蒋经国的辉煌时期。于公，他赢得了好的政声，为他由地方至中央、由赣南走向全国赢得了政治资本；于私，他开办了江西青干班，为自己培植亲信和嫡系干部，由此他还结下了一段风流姻缘。
1940年6月，蒋经国带职到重庆中央训练团党政班第三期受训，取得国民党和三民主义青年团员的资格。从此，他在三青团的地位迅速上升。7月，被任命为三青团临时中央干事。8月，又被指定为三青团江西支团筹备主任，这实质上是江西支团的首脑“第一把手”。但当时的三青团首领康泽却不买这位“太子”的帐洗使个杀手铜，在江西三青团支部安置了不少“復兴社”的亲信，目的是架空蒋经国，使其成为空头主任。蒋经国当然不甘示弱，决定从培养自己的干部着手，扶植自己的力量。于是，他在赣州赤殊岭举办“三民主义青年团江西支部干部训练班”，自己当班主任。在“青干班”的生活和训练中，蒋经国强调要“同心同德、患难与共”。要求不分男女，都以“兄弟”相称，号召“效忠团长”（蒋介石）、“主任”（蒋经国）。以后故有“赤殊岭精神”一说。“青干班”第一期是在1940年1月1日开训的，3月结业，为期三个月。赣州“青干班”共办了万期，训练学员500余人。这批干部后来成了蒋经国“嫡系中的嫡系”。
1942年，蒋经国秉承蒋介石“旨意”作了一次短暂的“西北之旅”。蒋介石也曾一度设想让蒋经国涉足新疆，掌握新疆大权。蒋经国本人也觉得新疆这块地方靠的苏联，他对苏联情况最熟，何况在赣南已经干了这么多年，积累了不少政治资本，加上在赣南的政绩还受到蒋介石、宋美龄的首肯。现在要换一块更大、更重要的“用武之地”让他大显身手，那更能在父亲面前显示出自己的“才干”。因此，他从内心里是感到高兴的、跃跃欲试的，有好一阵子他的脑子里经常浮现出清朝“钦差大臣”左宗棠的影子，越想越觉得去收拾和整理盛世才留下的新疆这副残局，非他莫属了。
然而，蒋经国出任新疆主席的美梦却最终难圆。究其原因有二：其一，就是在蒋介石的左右亲信中，仍然有人嫉妒蒋经国，认为他年轻、资历浅，不堪担任“封疆大吏”的重任，让他去新疆独挡一面未兔太锋芒毕露了；其二，就是在蒋介石的左右亲信中，仍然有人怀疑蒋经国，认为他从苏联回国后，在赣南的所作所为正是“苏联社会主义的中国版”，如果再让他把这一模式带到新疆去推广，“岂不比盛世才还盛世才”？这样，蒋经国治理新疆的“雄心大志”终于成了黄梁一梦。
“新疆王之梦”既已成泡影，蒋经国不得不重新设计他的前程。蒋经国深知政治斗争之险恶，深刻地领悟到，没有党派组织做强有力的后盾月B么再高明的“行政官”也将会成为“无源之水”，“无本之木”。于是，蒋经国决定还是寻其父蒋介石的“旧梦”--走黄埔军校起家的道路。蒋经国首先选定的学校是国民党CC系控制的中央政治学校。他认为控制了这所学校，就能逐步控制全国的县长、县党部书记这一级干部、一改“蒋家天下陈家党”的局面。岂料，一向控制