清军攻克雨花台后，太平军为防清军占据大报恩寺对城内造成威胁，遂“用火药轰之，復挖空塔座下基地，数日塔倒，寺遭焚毁”。仅存一青铜色塔剎（1930年代后失踪）和8米高的石碑。相传建造该塔时曾一式烧制三份琉璃构件，一份用来建塔，两份埋入地下用于替换。1958年在眼香庙、芙蓉山、窟岗村一带出土的大批琉璃构件上多带有墨书的字号标记。