细细看去，竟然有数百名甲士藏于府中，刘穆之看了看天色，提醒道：“将军，按照约定，现在该开始了。”
何无忌也跟着道：“今次我等人虽不多，却谋划周密，德舆兄与无忌专责斩杀桓修，刘毅与孟昶于广陵起兵，杀桓弘，任豫州刺史刁逵左军府参军诸葛长民将在历阳起兵，诛杀刁逵，京口、历阳、广陵三地同时举事，必能剪除掉桓玄的爪牙！”
刘裕却望向了南方，嘆道：“我那好兄弟也该起兵了罢？他有精兵数万，可明正言顺发檄讨恆，而咱们须偷偷摸摸行事，唉～～”
刘穆之劝道：“将军不必羡慕他人，各人有各人的际遇，只要过了今夜，北府军将受您节制，又何必烦恼？”
刘裕想想也是，于是把这心思抛下，低喝道：“走！”
数百人从宅院内一涌而出，与以往兵变的小心翼翼不同，这数百人大声呼喊司马德宗已经復位，下诏清剿桓氏余党，北府军将士本就不愿为桓玄卖命，于是纷纷聚拢在了刘裕身边，而桓氏军卒不敢阻拦，纷纷逃散，举义的人数越来越多，很快杀入了桓修府中，由刘裕一刀枭去了桓修首级！
刘裕轻而易举的掌握了京口的军政大权！
第二天正午，刘毅与孟昶等人带领部众从广陵赶回，共推刘裕为盟主，匡扶晋室，经过数日的忙碌整编，刘裕于五月初一传檄京师，声讨桓玄！
接下来的几天，刘裕神勇无比，先于江乘大破桓玄骁将吴甫之，并当场斩杀，又于罗落桥以寡击众，大败桓玄心腹皇甫敷，得众万余，之后加速奔向了覆舟山（今南京钟山）。
桓玄以桓谦为征讨都督，与游击将军何澹之率一万三千军守覆舟山东陵，以卞范之率七千兵屯于覆舟山西麓，作为东陵后援。
刘裕则背水一战，命全军丢弃粮草，又以老弱残兵为疑兵，登上覆舟山，见着空地就插上旗帜，颇有几分淝水之战时草木皆兵的韵味，果然，桓谦摸不透刘裕的兵力，顿时阵脚大乱。
刘裕趁机分兵数路，他自领一军向桓谦衝杀而去，将士们均是悍不畏死。
刘裕又见东北风起，立即派人顺风向桓谦军放火，霎时间，桓谦军彻底崩溃，桓谦、何澹之、卞范之眼看局势已一发不可收拾，只得逃回了建康。
接连战败，桓玄心胆俱丧，无意再撼刘裕锋锐，连夜命人给自己的船上装满服饰珍玩，名人字画，领数千随从登船，以指挥作战为藉口逃离建康，并挟持司马德宗与王神爱，向着荆州驶去。
至此，刘裕终于入主了建康，但是皇帝被挟持走了，他必须再推一个出来，于是矫司马德宗密诏，请司马德文监国，司马德文则进刘裕为侍中、车骑将军。
第四五三章身后有船
刘裕入主建康的首要任务不是追击桓玄，而是巩固自己在建康的地位，毕竟桓玄大势已去，不可能再有东山再起的机会，抓着了，是锦上添花，抓不着，也无伤大雅。
而且卫风摆明了是要夺取荆江二州，虽然刘裕很不乐意上游掌握在卫风手里，但人家有实力，大破魏军也令刘裕心存忌惮，因此他并不愿意在阵脚未稳时过早与卫风发生衝突，更何况放走桓玄也不是一点用都没有，桓氏在荆襄经营数十年，卫风想得到荆州，总不能轻轻鬆鬆，说不定还能磕掉大门牙呢！
桓玄主政时，事无巨细，亲历亲为，追求完美，自然也要求臣下不得有一丝缺陷，在给他的奏章中，即便是发现一个错别字，最起码也要罢官撤职，根本谈不上量才录用，而刘裕一改桓玄弊端，他不干涉政令革新，秉承用人不疑，疑人不用的指导方针，并把政事完全託付给了刘穆之，除此之外，还一力笼络高门甲族。
笼缀高门甲族离不开王谢，对于卫风倚重的王凝之与谢混一系，刘裕只维持着表面上的客气，因为他清楚在卫风垮台之前，这二系不可能为他所用，关键是卫风与这两系纠缠的太深了，谢混把两个宝贝女儿都许给了卫风，刘裕还能如何？
刘裕重用的是王导的直系，即曾给桓玄奉上玺绶的王谧，王谧当初也曾救过他一命，另一系则是谢重。即与谢混、谢道韫不大对眼的谢氏旁支，并把年仅十四岁的谢晦任为了孟昶的中兵参军。
只不过，刘裕虽无心追击桓玄，刘毅却立功心切，在刘裕入主建康的第十天，即五月十日，刘毅找到了刘裕，说道：“德舆兄，如今建康初定，但桓玄仍未伏诛。故毅请领水军攻打桓玄。必将生擒此獠，迎主上回镇建康！”
“这…”刘裕有了片刻的迟疑，只是拿不出正当的理由拒绝，在看了看刘穆之。刘穆之略一点头之后。便道：“好。既然希乐有心，就让无忌随你同去，你若取下荆江。二州刺史可择其一！”
刘毅心头大喜，郑重施了一礼：“请德舆兄放心便是，毅这就去做准备，争取十日内启行。”说完，疾步向外走去。
目送着刘毅的背影渐渐远离，刘穆之捋须微微笑道：“将军，刘毅自视颇高，将来或有可能与您生出争端，让他去上游，与卫将军争夺荆江二州倒也不错，刘毅虽未必是卫将军敌手，却可使我北府军与卫将军结下仇怨，若是刘毅被卫将斩落马下，呵呵～～至少可以抵消掉卫将军对京口的援手之德啊！”