无奈之下，胡汉良只能强调构筑坚固而隐蔽的发射阵地来弥补战场机动能力和武器威力的不足，务必做到一击必中，否则就凶多吉少。因此他仔细勘察了部队驻守的地区，针对共军可能发动的主攻方向精心计划了预伏阵地，并构想由步兵反坦克武器在正面阻击和牵制敌军，而由配置在浅纵深的95旅利用其重型战车进行两翼包抄和反击。即使如此，他也很不乐观，如何对付到时候如潮水般涌上岸的共军战车和大批飞机，让胡汉良大伤脑筋。真正能死保防线的，只有95装甲旅，虽然重达近60吨的M1A2主战车战力犀利，但在台南水泽地区机动有限，身宽体胖的M60和“勇虎”也好不了那去，在这里的机动性甚至还比不上老掉牙的M41。这些重型车辆只能防御和衝击有限的战线，而且还要确保己方空军能够压制住越来越凶猛的共军攻击机群，听说美国已经派遣战机进行空中支援，“上头”也有美国正在进行动员，准备参战的说法。但胡汉良丝毫不敢抱有什么幻想，就算美国大举来援，姑且不说时间，就凭大陆方发狠反击，最倒霉的还是台湾，弄不好大家都完蛋，美国倒是跑得溜快，这从601旅败退澎湖时跑得飞快的美军顾问身上就可见一斑。
除了一线的步兵333师，机械化109师，装甲86旅和一些守备部队以外，台湾南部就只有空降71旅的区区2600人作为机动预备队，胡汉良兵团作为二线在距高雄和硅止前线55公里的外围展开，总部判断这一线将是登陆攻击的重点，如果共军再在南部登陆成功，那么南北呼应的局面便随之形成，台湾投降将只是时间问题。
北部台军和共军在林口浴血奋战，战斗呈残酷的胶着状态，共军建立了坚固的桥头堡，台军将其团团围住，却又因兵力兵器不足无法将其赶下海去，随着被占港口运力的恢復，共军势必会大举登岸，鬼知道那个包围圈有没有被撑破的一天。如果再在台军包围圈外来一个登陆，北部防卫力量就会被包饺子，这也是驻守台中的部队迟迟不敢驰援北部的重要原因，短时间的僵局并不说明台湾能够将共军赶下海去。至于台湾后方---唉，严格说来，已经没有后方了，台湾缺乏战略纵深，一旦开战，那有什么后方---儘管陈水扁信誓旦旦地说台湾会血战到底，但傻瓜都知道，解放军登上台湾几乎已经胜利了一半，就这一点就足以催垮民众的信心了。台湾各大城市已经被大陆飞弹打怕了，电、水、通讯、交通等经常中断，伤亡时有增加，加上四下流串的共军特战小组的骚扰和破坏，全台湾人心惶惶，草木皆兵，各种流言漫天飞，尤其是共军全歼“基德”编队的消息传开后，民心已近崩溃的边缘。在胡汉良潜意识里，他就想尽力拼一拼，拼死拉倒，拼不死算走运，作为军人，说到底是耻于打内战的，历史会怎样记下台湾的疯狂呢？不管怎么样，能快点结束这一场战争就好。
澎湖在马公港刚刚有所恢復便成为一个巨大的军营和军火仓库，大陆开始动用大型滚装船运送人员和物资登陆澎湖。除防守的31军85师以外，还有即将担任主攻任务的第2陆战旅、54军、31军和空降15军各一部共计近6万人。这还不算防空和海军舰艇部队，而且新的人员还在源源不断地开来。在北部集群受阻后，解放军将重点逐渐转到南部。岛上到处都是解放军军人，各条公路奔驰着各种军车，作战物资堆积如山。由于澎湖力台湾岛很近（最近处仅40公里），小型登陆舰艇也能派上用场，因此在澎湖外海和各适宜港湾，集结了大批登陆船舶，让台南守军心惊肉跳。两岸海空军在澎湖周围时常发生激战，在“基德”编队被全歼后，澎湖已经成为一个坚固的堡垒，台军海军和空军在这里再也无力与解放军拼消耗了。南部集群总指挥贺南宏满意地察觉到，发动致命一击的时机已经到来。
台军在靠西部沿海凡是适宜登陆的地点都苦心经营了大量抗登陆障碍，这些障碍分为水中障碍带、水际障碍带和滩头障碍带三道障碍带进行配置，水中中障碍带由基本雷区、前沿雷区和沿岸雷区构成，设置在低潮线以外8-15海里，其主要障碍物是水雷，并混合设置有浮游栏障和沉船等障碍，用于破坏和阻止大型登陆舰以及中、小型登陆工具的换乘登陆。水际障碍带设置在低潮线和高潮线之间，一般由2-4道障碍物组成，在重要地段设置了6-8道障碍。水际障碍带所使用的障碍物主要是轨道砦、钢栅、铁钉桩、抗登陆水雷等，障碍区的纵深和配置根据地形和潮差而定。该障碍带主要用于阻滞、破坏对方登陆用具，割裂其战斗队型。滩头障碍带设置在高潮线和前沿阵地之间，由多道多列不同的障碍物组成，主要障碍物是防坦克地雷、防步兵地雷等爆炸性障碍物和混凝土三角桩、三角锥、防坦克壕、阻绝壕、铁丝网、火障等非爆炸性障碍物，该障碍带主要用于杀伤登陆兵并阻滞、破坏登陆装备上陆。此外，台军在一线阵地前沿也设置了一道障碍带，用于阻止对方抢滩登陆和建立登陆场。这些障碍纵深从水中到阵地前沿可达25—30公里，而且各道障碍带的纵深也非常大，水中障碍带纵深可达20—30公里，滩头的可达200—400米，最大可达800米，同时这些障碍带是和一定的火力体系相配合组成防御体