同治元年（1862年）1月31日，曾国藩奉旨任两江总督协办大学士，曾国荃补授浙江按察使，左宗棠补授为浙江巡抚，督办军务。
对这次的嘉赏，曾国藩没有任何喜悦，对这些荣誉，他已经没有那么在乎了，因为，支持他、欣赏他的那个人永远走了，肃顺无数次在咸丰帝那里肯定以曾国藩为首的这帮汉人，曾国藩本想在剿灭太平天国，进京后，再好好表示感谢，可是，没有机会了，这次，他甚至连送行的机会都没有。
来安庆已经快半年了，曾国藩不再关心与太平军的缠斗，太平天国那些劲敌的名字，一个一个被从他的战略名单中划去。他把重心放在了他创办的内军械所，这笔启动资金，还是来自于肃顺跟朝廷的极力争取。
如果说写日记是曾国藩最大的爱好，那么造船，就可以排第二。
在江西跟陈启迈的矛盾，一部分就因为造船。他认为林则徐鸦片战争的战败，最重要的原因，是因为没有高科技的战船，没有战船，就打造不出强大的水师，所以每次外国人从沿海进攻，清军永远吃亏，这个事情就成了他一直以来的执念。
对于这个领域，曾国藩很陌生，虽然他博览全书，但是造船这个技术，中国史料上的确很少，虽然明代曾经在朱二老板的大力支持下，也造出过让世人人瞩目的大船，但是图纸都失传了。英国人也不可能把图纸和技术卖给我们，没有技术怎么办？
这么大的国土，这么多的人口，找几个造船的人才很难吗？
还真难，封建王朝没有经历过工业革命，从制船和枪炮还停留在纯手工阶段，而且清王朝在洋务运动之前，从未想过在技术上要跟国外学习交流，还一直沉浸在过去祖辈的荣耀和光环的骄傲里。
曾国藩很清醒，如果真有这波人吹嘘的这么厉害，跟外国人一次次战败的屈辱，就不会深深的刺痛自己的心了。
年过半百，不比当年。但是他并没有因为造船是从零开始，也没有因为这个领域是空白而灰心。
他找到了精通数学和制造的徐寿、华蘅芳，鼓励他们两人在内军械所组织人试造轮船。
徐寿（1818年2月26日—1884年9月24日），字生元，号雪村，江苏无锡人，清末著名科学家，中国近代化学的启蒙者，中国近代造船工业的先驱。[1]
清咸丰六年（1856年）前后来到上海。入曾国藩幕，与华蘅芳等人进安庆内军械所，制造出中国第一台蒸汽机。同时设计、制造轮船。同治四年（1865年）试制成功以蒸汽为动力的木质轮船——“黄鹄”号，同治七年在上海江南制造总局造出中国第一艘机器轮船，名震朝野，闻名海内外，成为中国近代造船工业的先驱。在上海首先建立化学工业，翻译和撰写军火生产技术的书籍和文章，并亲自参加军火生产实践，从事黑火药及其改良剂型——栗色火药的生产技术的指导工作，试制硝棉无烟火药和作为引爆药的雷汞。清同治十三年（1874年）在江南制造总局火药厂，成功地采用铅室法研制出生产无烟火药的主要化工原料硫酸和硝酸。徐寿以对中国化学工业的探索和实践，被誉为“近代的化学之父”。
光绪二年（1876年）编辑出版中国早期专门介绍自然科学的综合期刊《格致汇编》，传播科技知识。格致书院和《格致汇编》对中国近代教育文化的发展具有重大影响。徐寿一生虽先后游幕于曾国藩、李鸿章门下，颇受器重，但一直未得过高官厚禄，直到清同治十二年才任江南制造总局提调，但他的学术地位和技术才能早已名噪国内。
这也是近代中国师夷之长技的一次尝试。
3月，左宗棠率军由江西入浙江。
5月，李鸿章率军抵上海，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。
1863月1月7日，曾国藩最小的弟弟曾国葆暴毙雨花台军中，年仅34岁。
同治元年十一月十八日丙寅，我季弟殁于金陵军中。
——曾国藩《季弟事恒墓志》
5月14日，石达开率领太平军兵江突破长江防线，进行他人生中最后一战，也是太平军曾经的“战神”败亡之战。
当石达开部队抵达大渡河畔时，对岸没有清兵把手，老谋深算的石达开还是很谨慎，先派遣小队渡河侦查敌情，晚上又将其撤了回来。
按达开初到大渡河边，北岸实尚无官兵，而骆文忠公(骆秉章)奏疏谓唐友耕一军已驻北岸，似为将十请奖张本，不得不声明防河得力，因稍移数日以迁就之，当时外省军报大都如此。
——薛福成《书剧寇石达开就擒式》
此时，时任四川总兵唐友耕（从太平军叛逃投靠了清军）的所领导的振武军还在数百里之外的邛州，短时间内无法赶来增援。此外，大渡河西面的松林河对岸也没啥兵力，这对石达开而言，本是千载难逢的好机会。
可是石达开错过了，因为这天他媳妇生了儿子，聪明一世，糊涂一时的战神居然在这个时候，下令全体官兵为儿子出生庆祝三天三夜。
“弄璋生香，传令将士，休养三日。”
结果三日不到，给儿子设庆功宴还未结束，河水暴涨，石达开已经无法带太平军渡河了，唐友耕领导的援军已经抵达北岸，部署大量火炮，准备“迎接”太平军渡河部队。没有水师掩护，又没坚固战船，石达开连续强渡三次，都以失败告终，还损失了万余兵马。石达开掉头往西，准备跨越松林河，直奔泸定。
松林河守将是清军土司（少数民族官职